Satu tahun telah berlalu sejak Black Rebellion, pemberontakan yang gagal melawan Holy Britannian Empire yang dipimpin oleh Zero, seorang vigilante bertopeng yang kini hilang. Kehilangan pemimpin revolusioner mereka, kelompok perlawanan Area 11—Black Knights—menemukan diri mereka terlalu tidak berdaya untuk melawan kebrutalan yang ditimpakan kepada Elevens oleh Britannia, yang telah meningkat secara signifikan untuk menghancurkan harapan akan pemberontakan di masa mendatang.

Lelouch Lamperouge, yang telah kehilangan semua ingatan tentang kehidupan gandanya, hidup damai bersama teman-temannya sebagai siswa sekolah menengah di Ashford Academy. Mantan rekannya C.C., yang tidak dapat menerima kejadian ini, berinisiatif untuk mengingatkannya tentang tujuan masa lalunya, berharap bahwa Zero, sang dalang, akan bangkit sekali lagi untuk menyelesaikan apa yang telah dimulainya, dalam akhir seri yang mendebarkan ini.